L'Àrea d'Ecologia Vegetal i Botànica Forestal va ser creada poc després de fundar-se el CTFC l'any 1995 i es dedica fonamentalment a la recerca, tant bàsica com aplicada, mitjançant la participació en projectes que abasten des d'un nivell comarcal fins a nivell europeu. Bona part dels projectes estan centrats en els sistemes agrosilvopastorals, dels quals se n'estudien diferents aspectes del seu funcionament i de la seva gestió. També es duen a terme projectes de cooperació internacional.